Berdasarkan informasi lisan dari tokoh-tokoh masyarakat, tokoh-tokoh adat dan pemuka masyarakat lainnya bahwa pada awalnya Pasir Belengkong dikenal dengan nama Benuo. Masyarakat setempat pada waktu itu lebih sering menyebutnya dengan nama Benuo. Oleh karena itu, untuk menghindari kesalah pahaman dalam penyebutan dua nama yang berbeda (meskipun maksudnya sama), maka pemerintah kecamatan Pasir Belengkong mengundang tokoh-tokoh masyarakat, dan tokoh-tokoh adat setempat untuk bermusyawarah guna menyamakan persepsi dan pandangan terhadap pemberian nama desa Pasir Belengkong.
Masing-masing peserta musyawarah diberi kesempatan untuk menyampaikan aspirasi dan argumentasi dengan ditinjau dari sudut pandang tertentu sesuai dengan apa yang mereka ketahui dan yang mereka dengar dari nenek moyang mereka. Sebahagian besar peserta musyawarah menghendaki agar nama Pasir Belengkong diambil dari nama sungai yang ada di Pasir Belengkong. Hal ini didasarkan pada fungsi dan manfaat sungai sebagai salah satu jalur transportasi air yang sangat penting bagi masyarakat setempat. Ditinjau dari segi bentuknya, sungai yang sering di digunakan itu bentuknya bengkok dan berliku-liku. Karena bentuk sungai yang bengkok dan berliku-liku, maka dipopulerkan dengan nama Belengkong yang diambil dari Bahasa Pasir. Hingga saat ini nama tersebut lebih dikenal dengan nama Pasir Belengkong.
Desa Pasir Belengkong telah mengalami beberapa kali pergantian Kepala Desa sesuai dengan aspirasi dan kondisi masyarakarat setempat. Desa Pasir Belengkong dipimpin pertama kali oleh seorang kepala desa bernama Dato Dolong. Permulaan tahun kepemimpinan beliau tidak diketahui secara pasti, namun berdasarkan informasi lisan dari tokoh masyarakat bahwa masa kepemimpinan beliau berakhir pada tahun 1958. Selama jangka waktu 8 (delapan) tahun sejak 1959 sampai dengan 1967 tampuk pemerintahan desa digantikan oleh H. Muhamad Jafar. Tahun 1968-1974 digantikan oleh Aji
Ibrahim AM selama 6 (enam) tahun. Tahun 1975-1977 digantikan oleh M. Tahir Noor selama 2 (dua) tahun. Tahun 1977-2002 Aji Ibrahim AM terpilih kembali untuk yang kedua kalinya menjadi kepala desa selama 25 (Dua Puluh Lima) tahun.
Pada masa jabatan Aji Ibrahim AM sebagai Kepala Desa, dicanangkan penambahan warga desa melalui program transmigrasi swakarsa pengembangan desa potensial (Transabangdep) yang berasal dari Jawa Tengah sebanyak 50 (Lima Puluh) Kepala Keluarga dan Nusa Tenggara Barat 50 (Lima Puluh) kepala keluarga. Pada tahun 1995 warga transmigran yang berasal dari kedua propinsi tersebut ditempatkan di Pabencengan sebanyak 100 (Seratus) Kepala Keluarga.
Pada Tahun 2013 deselenggarakan Pilkades secara demokratis dengan aturan yang dibuat oleh Pemerintah Kabupaten Paser maka terpilihlah H. Abdulrauf AS sebagai Kepala Desa definitif. Pemilihan yang kedua H. Abdul Rauf terpilih kembali untuk masa jabatan yang ke-2 (dua) kalinya. Pada tahun 2013 Kepemimpinan H. Abdulrauf beliau mengundurkan diri karena mengikuti kontestan Pemilu Legislatif dan Beliau berhasil menjadi Wakil Rakyat di DPRD Kabupaten Paser. Dengan mengundurkan diri Kepala Desa sebelumnya maka Bupati Paser pada Tahun 2013 mengangkat Pejabat sementara untuk menjabat sebagai Kepala Desa Pasir Belengkong yakni Tri Sastrawan.
Dengan terbitnya peraturan undang-undang Nomor 6 Tahun 2014 maka sistem Pemilihan Kepala Desa diadakan secara Demokratis maka pada bulan desember 2016 diadakan Pemilihan langsung Kepala Desa (Pilkades) dengan menghasilkan Kepala Desa Definitif atas Nama Muhammad Subhan, SE. Dengan adanya Kepala Desa yang Definitif maka kewenangannya penuh secara administrasi dan sebagai pengguna anggaran untuk mengatur sistem pemerintahan Desa.